Trong quản lý tài chính công cần phải đạt được 3 mục tiêu: kỷ luật tài khoá tổng thể, hiệu quả phân bổ và hiệu quả hoạt động. Những mục tiêu này được giải thích trong Sổ tay Quản lý chi tiêu công như sau: "Tổng số tiền mà Chính phủ chi nên gắn sát với những gì có thể chi trả được trong trung hạn, và theo đó trong ngân sách năm; chi tiêu nên được phân bổ phù hợp với ưu tiên chính sách; và chi tiêu nên đạt được các kết quả mong muốn với chi phí thấp nhất" (World Bank 1998, tr.3)

vKỷ luật tài khoá tổng thể:

 Kỷ luật tài khoá tổng thể được hiểu là ngân sách phải được duy trì một cách tiết kiệm trong trung hạn, nghĩa là bảo đảm quản lý thu, chi không làm mất ổn định kinh tế vĩ mô, ví dụ: không gây ra thâm hụt ngân sách, nợ công lớn và không bền vững. Kỷ luật tài khoá tổng thể có thể đo lường bằng các chỉ số: tỷ lệ phần trăm của thu so với GDP, tỷ lệ bội chi ngân sách so với GDP, tổng số nợ công so với GDP.

Kiểm soát trần chi tiêu là mục đích cơ bản của các chính phủ, do xuất phát từ thực tế là nguồn lực khan hiếm và nhu cầu chi gần như vô hạn, nhất là trong hoạt động ngân sách khi không một đơn vị chi tiêu nào phải chịu trách nhiệm trực tiếp về chi phí liên quan đến bất ổn kinh tế vĩ mô. Khi bộ, ngành, địa phương được hưởng phân bổ ngân sách nhiều hơn thì các chi phí như lạm phát cao, bội chi, nợ công hoặc thất nghiệp lại do cả xã hội, thậm chí cả thế hệ sau phải gánh chịu.

Kỷ luật tài khoá tổng thể là kết quả của các dự báo đáng tin cậy về thu và chi. Điều đó có nghĩa là trên cơ sở dự báo thu có tính khả thi để lên kế hoạch đảm bảo chi tiêu của chính phủ trong giới hạn nguồn thu nhằm duy trì tình trạng tài chính của chính phủ một cách bền vững, ổn định qua các chu kỳ kinh tế. Kỷ luật tài khoá tổng thể nói đến sự liên kết của chi tiêu công với tổng thu bao gồm cả thu nội địa và các khoản vay nước ngoài một cách bền vững.

Để đảm bảo kỷ luật tài khoá tổng thể tổng số chi ngân sách cho các bộ, ngành, địa phương phải được quyết định một cách độc lập trước khi ra các quyết định chi tiêu thành phần. Tổng số chi/trần ngân sách phải là giới hạn "cứng rắn", xuất phát từ những gì mà nhà nước có thể cam kết trang trải được  và buộc phải thực hiện trong năm ngân sách chứ không phải là mục tiêu linh hoạt.

Duy trì kỷ luật tài khoá cần có các yếu tố nội sinh cơ bản sau:

- Khi lập kế hoạch ngân sách cần xem xét ổn định kinh tế vĩ mô không chỉ từ góc độ năm tài khoá hiện hành mà nên nghiên cứu cả chu kỳ kinh tế và thậm chí giai đoạn dài hơn để đảm bảo duy trì ổn định kinh tế vĩ mô. Mục tiêu trần ngân sách phải có tính hiện thực, xem xét kỹ lượng các rủi ro về thu ngân sách trong kế hoạch tài chính - ngân sách trung hạn (từ 3 đến 5 năm). Kế hoạch chi tiêu trung hạn được thiết lập như là cơ sổ đo lường tác động của sự thay các tham số: chính sách mới, lạm phát, các cú sốc của nền kinh tế - xã hội đến các chương trình chi tiêu đang được thực hiện.

- Ngoài giới hạn về tổng thu, tổng chi, thâm hụt hay nợ công thì những mục tiêu bổ trợ cơ bản như mức trần chi tiêu cho các bộ, ngành hoặc các khoản chi tiêu chính như chi thường xuyên, chi đầu tư phát triển cũng nên được thiết lập trước khi dự thảo ngân sách trong khuôn khổ tài chính trung hạn. Những đề xuất chi tiêu mới phải chỉ rõ nguồn trang trải, có các biện pháp tiết kiệm và tạo nguồn thu mới.

- Đảm bảo tính toàn diện và tính minh bạch của thu, chi ngân sách là hai yếu tố cơ bản để duy trì kỷ luật tài khoá tổng thể. Báo cáo tài chính về hoạt động ngân sách cung cấp cho người sử dụng phải là những thông tin đáng tin cậy, toàn diện, phù hợp và dễ hiểu với các đối tượng sử dụng thông tin như Quốc hội, nhà hoạch định chính sách, nhà quản lý hay công chúng (những người "uỷ thác" nguồn lực của mình cho nhà nước chi).

vHiệu quả phân bổ:

Hiệu quả phân bổ có thể nhìn nhận trên hai khía cạnh:

Khía cạnh thu có nghĩa là phải đảm bảo chia sẻ "gánh nặng" thuế giữa các nhóm người trong xã hội nhằm giảm thiểu những tác động "bóp méo" gây "mất trắng" của thuế. Theo đó chính sách thuế phải đảm bảo tính trung lập và các cơ chế quản lý thuế phải giúp giảm thiểu chi phí hành thu và chi phí tuân thủ.

Khía cạnh chi có nghĩa là kế hoạch chi ngân sách phải phù hợp với các ưu tiên trong chính sách của nhà nước, khuyế khích khả năng tái phân bổ các nguồn lực tài chính từ các chương trình ưu tiên sang những chương trình ưu tiên cao hơn, từ ưu tiên cũ sang ưu tiên mới trong giới hạn trần ngân sách.

Trong quản lý chi với một kỷ luật tài khoá cứng rắn, thì một thách thức không nhỏ đối với những nhà quản lý là làm thế nào để phân bổ nguồn lực khan hiếm theo các chương trình ưu tiên, dựa trên tính hữu dụng của chính trong việc đáp ứng các mục tiêu chiến lược của quốc gia. "Thông lệ tốt" của quốc tế cho thấy bằng cách phi tập trung hoá trách nhiệm tái phân bổ chủ yếu cho Bộ trưởng các bộ và các địa phương có thể sẽ đạt được điều này. Chính phủ với tư cách là "quan toà" trong cuộc "cạnh tranh" nguồn lực, chỉ nên quyết định mỗi ngành, mỗi bộ được chia phần bao nhiêu trong tổng nguồn lực theo mức độ ưu tiên phù hợp với chiến lược quốc gia, còn hầu hết sự điều chỉnh chương trình chi tiêu bao gồm cả sự cắt giảm hoạt động là công việc nội bộ của các bộ, ngành cà địa phương. Cụ thể trong quản lý tài chính công cần phải thiết lập trần ngân sách cho các bộ, ngành trong khuôn khổ ngân sách trung hạn;yêu cầu đầu ra và chỉ số kết quả cho chính sách hiện hành/cơ sở và đề xuất mới; trao quyền cho các bộ, ngành trong việc quyết định phân bổ nguồn lực vào các chương trình; ưu tiên nguồn lực cho việc theo dõi, đánh giá kết quả thực hiện nhiệm vụ.

Sự phi tập trung hoá có ưu điểm cơ bản là giúp cho cơ quan tài chính, cơ quan kế hoạch và đầu tue có điều kiện giảm bớt nhu cầu về thông tin phân bổ chi phí, tập trung thảo luận ngân sách về các đề xuất mới và những điểm thay đổi của các chương trình hiện có. Hơn nữa, biện pháp này còn có tác dụng giảm xung đột giữa người chi tiêu và người kiểm soát, khuyến khích các bộ, ngành, địa phương tái phân bổ vào những chương trình sát với nhu cầu của họ chứ không phải là thức đẩy họ tìm mọi cách đối phó lên các danh mục nhu cầu chi tiêu để giành giật nguồn lực.

vHiệu quả hoạt động:

Hiệu quả hoạt động liên quan đến việc cung cấp các đầu ra của dịch vụ công với một chất lượng nhất định ở mức chi phí hợp lý. Hiệu quả hoạt động xem xét mối quan hệ giữa đầu vào và kết quả thực hiện nhiệm vụ ở cấp độ đầu ra, mối quan hệ tỷ lệ giữa đầu vào so với đầu ra.

Khác với hoạt động của khu vực tư nhân, hoạt động của khu vực công cộng thường thiếu sức ép của thị trường cạnh tranh, hơn nữa, một số hàng hoá dịch vụ mang nhiều tính chất ngoại ứng nên rất khó đo lường kết quả thực hiện nhiệm vụ ở cả cấp độ đầu ra và kết quả phát triển. Bởi vậy, để tiết kiệm chi trong hoạt động ngân sách thì một trong những cách thức kiểm soát tài chính lâu đời nhất là kiểm soát các yếu tố đầu vào (nhân công, hàng hoá, dịch vụ, thiết bị...). Mặc dù cách thức kiểm soát đầu vào rất đa dạng, chặt chẽ và có sự cải tiến trong kỹ thuật quản lý ngân sách, từ việc thực hiện chủ yếu bởi hệ thống kiểm soát bên ngoài như kho bạc, kiểm toán, thanh tra...đến hệ thống kiểm soát nội bộ qua việc giao quyền tự chủ tài chính và cho phép nhà quản lý tự do chi tiêu trong phạm vi thích hợp, nhưng hiệu quả hoạt động của khu vực công cộng thường vẫn xếp sau khu vực tư nhân. Nguyên nhân cơ bản của tình trạng này là chính việc kiểm soát đầu vào đã không khuyến khích đơn vị chi tiêu hướng về kết quả thực hiện nhiệm vụ. Nhiệm vụ chính của nhà kiểm soát ngân sách và nhà quản lý đơn vị chi tiêu là đảm bảo tuân thủ nghiêm ngặt những quy định của nhà nước như định mức, tiêu chuẩn, chế độ; chứ không phải là suy nghĩ tìm cách sử dụng sao cho hiệu quả đồng vốn. Thay vì khen thưởng các khoản đơn vị sử dụng tiết kiệm thì có thể họ bị "trừng phạt" bằng cách phải nộp trả số tiền ngân sách chưa sử dụng hết cho nhà nước. Quản lý chi tiêu công mới có xu hướng tăng cường hiệu quả hoạt động bằng cách chuyển dịch sự tập trung kiểm soát chi tiêu từ đầu vào sang kết quả thực hiện nhiệm vụ, từ việc kiểm soát đơn vị công lập mua gì sang việc các đơn vị này sản xuất ra sản phẩm, dịch vụ gì và điều đó đem lại lợi ích gì với khách hàng, với xã hội. Sự cải cách này dựa trên một quan niệm phân cấp cho nhà quản lý được quyền chủ động sử dụng nguồn lực với những gì họ cảm thấy phù hợp nhất và đảm bảo trách nhiệm giải trình với kết quả.